针对这道多选题，我们需要根据地下矿山通风系统的安全标准来判断哪些情况构成重大隐患。现在我们逐一分析每个选项： A. **采用自然通风**：在地下矿山中，自然通风往往不能提供足够的通风量来稀释或排除矿井中的有害气体、粉尘等，因此可能导致工作环境恶劣，对矿工的健康构成严重威胁。这种通风方式通常不被认为是安全的，可能构成重大隐患。所以A选项是正确的。 B. **主通风机的备用电机不在风机房或硐室内**：备用电机是确保主通风机在故障时能迅速接替工作的关键设备。如果备用电机不在风机房或硐室内，那么在主通风机出现故障时，可能无法及时启动备用电机，导致矿井通风中断，从而构成重大隐患。所以B选项是正确的。 C. **主通风机进行了整机备用，但是未另外单独备用电机**：虽然整机备用可以提供一定程度的保障，但单独备用电机能更快地接替工作，特别是在紧急情况下。未单独备用电机可能会增加风险，尤其是在整机备用设备启动时间较长的情况下。然而，与B选项相比，这一选项的风险性可能稍低，但在严格的安全标准下，也可能被视为隐患，但其重大性可能不如B选项直接。不过，从题目选项的严谨性出发，C选项描述了一种可能的不足，也符合题目“重大隐患”的设定，因此可以视为正确。 D. **未设在线监测系统，通风系统检测周期超过1年**：在线监测系统能实时监控通风系统的运行状态，及时发现并解决问题。缺乏这样的系统，并且检测周期过长，会显著增加通风系统失效的风险，从而构成重大隐患。所以D选项是正确的。 E. **发生火灾到实现反风时间为15min，主通风机控制人员接到指令到反风时间为9min**：反风是矿井火灾时的一种重要通风管理措施，可以迅速改变风流方向，防止火灾烟气蔓延。虽然题目中给出的时间（15min和9min）可能超过了某些紧急情况下的理想时间，但这些时间并不必然构成重大隐患，因为它们还受到矿井规模、布局、设备性能等多种因素的影响。在没有具体标准对比的情况下，很难断定这是否构成重大隐患。因此，E选项不符合题目中“重大隐患”的明确标准，应视为不正确。 综上所述，正确答案是A、B、C、D。
