这是一道关于认证机构管理规定及处罚措施的选择题。首先，我们要理解题目背景，即认证机构在违反《认证机构管理办法》第十六条关于程序要求的规定后，将面临的处罚措施。接下来，我们逐一分析选项，以确定正确的停业整顿期限。 首先，我们分析题目中的关键信息： * 认证机构违反了《认证机构管理办法》第十六条，该条可能涉及认证过程中的程序要求。 * 违反此规定的处罚依据是《中华人民共和国认证认可条例》第六十条。 * 题目询问的是认证机构被责令停业整顿的具体期限。 现在，我们来分析各个选项： A. 3个月：此选项的停业整顿期限相对较短，可能不足以达到惩罚和纠正违规行为的效果。 B. 6个月：此选项提供了一个适中的停业整顿期限，既能对违规行为进行惩罚，也给予认证机构足够的时间进行整改。 C. 9个月：此选项的停业整顿期限较长，可能会给认证机构带来较大的运营压力，不一定是最合理的处罚期限。 D. 12个月：此选项的停业整顿期限最长，可能过于严厉，除非违规行为极其严重。 接下来，我们结合相关法律和常识进行推理： * 在行政处罚中，停业整顿的期限通常会根据违规行为的严重程度、影响范围以及整改的难易程度来确定。 * 6个月的停业整顿期限既能够体现对违规行为的惩罚，又给予了认证机构合理的整改时间。 最后，我们对比选项与常识、法规的契合度： * A、C、D选项的停业整顿期限要么过短，要么过长，都不太符合一般行政处罚的合理性原则。 * B选项（6个月）既符合一般行政处罚的常规做法，也符合对违规行为进行合理惩罚和整改的要求。 综上所述，认证机构被责令停业整顿的期限为6个月，即选项B正确。 因此，答案是B：6个月。
